Trianon számos értelmiségi sorsát pecsételte meg, sokakat kényszerített otthonuk elhagyására, és ezzel egy új, bizonytalan jövő elé állította őket.

Az első világháború után Magyarország nem csupán gazdasági és társadalmi szempontból, hanem tudományos életének stabilitásában is súlyos csapásokat szenvedett el. 1918 decemberében, a Monarchia szétesését követően a Magyar Tudományos Akadémia nyílt levélben fordult a világ tudományos közösségéhez, segítséget kérve a nemzet területi integritásának megőrzéséhez. Sajnos, ez a felhívás nem keltett széleskörű nemzetközi visszhangot; csupán a cseh akadémia kifejezte ellenvéleményét, míg a többi akadémia szinte teljesen figyelmen kívül hagyta a kérdést.

A következő év eseményei azonban még inkább drámai fordulatokat hoztak. A Tanácsköztársaság időszakában a Közoktatásügyi Népbiztosság, amelynek élén Kunfi Zsigmond és helyettese, Lukács György állt, rendeletileg felfüggesztette az Akadémia működését. Az épületet a Vörös Őrség foglalta el, és bár szándékuk volt az intézmény reakciós jellegének megszüntetése és átszervezése, sajnos a proletárdiktatúra bukása miatt ezek a tervek sosem valósulhattak meg.

1919 őszén, a Tanácsköztársaságot követő restaurációs szakaszban, az Akadémia súlyos válságba került, és komoly kérdések merültek fel az intézmény jövőjével kapcsolatban. Felvetődött, hogy vajon meg tud-e maradni a korábbi struktúrájában. A politikai megtorlások nem kerülték el az MTA-t sem: Pekár Gyula, a vallás- és közoktatásügyi minisztérium politikai államtitkára kezdeményezte, hogy vizsgálják meg, kik azok, akik méltatlanná váltak az akadémiai tagságra. Ennek következményeként egy tizenöt fős igazoló bizottság alakult, amely minden elérhető forrást, beleértve írásos dokumentumokat és tanúvallomásokat, felhasznált annak megállapítására, hogy az egyes tudósok helytállása a forradalmi időszakban elfogadható volt-e.

Az MTA vezetősége, élén Berzeviczy Albert elnökkel, arra törekedett, hogy felelősségteljes döntéseket hozzon. Ugyanakkor nem elhanyagolható tényezőként jelentkeztek az érzelmi és politikai szimpátiák, amelyek jelentős hatással voltak a döntéshozatali folyamatra. A tagság számára a nemzethűség vált a legfontosabb értékmérővé.

Öt tudóst azonban kizárással sújtottak: Alexander Bernát filozófust, Asbóth Oszkár nyelvészt, Éber László művészettörténészt, Beke Manó matematikust, Lendl Adolf zoológust is törölték az Akadémia tagjai közül.

Az Akadémia Horthy Miklós 1920. március 1-jei kormányzóvá választását követően, március 22-én tartott ülésén hivatalosan reagált az új politikai környezetre. Ekkor azonban egyértelművé vált, hogy a belső válságkezelés során az MTA függetlensége sérült. A tudományos teljesítmények helyét átmenetileg a politikai megbízhatóság foglalta el, s az intézmény egy új korszak küszöbén állt. Ez az időszak a tudományos kiválóság és a politikai lojalitás közötti egyensúly megtartásának kihívásait hozta magával, ami a jövőbeni fejlődés szempontjából kulcsfontosságú kérdéssé vált.

A 1920. június 4-én aláírt trianoni békeszerződés következményei mélyreható hatással bírtak a magyar tudományos életre, különösen az MTA (Magyar Tudományos Akadémia) működésére. A területi és demográfiai veszteségek mellett az értelmiségi struktúrák, a tudományos intézmények rendszere, valamint a rendelkezésre álló finanszírozási források is jelentős átalakuláson mentek keresztül. E változások nemcsak a tudományos közéletet formálták át, hanem hosszú távú kihívásokat is jelentettek a magyar tudomány számára.

A békediktátum következményeként Magyarország területének kétharmadát elvesztette, ami súlyosan érintette az ország tudományos és felsőoktatási intézményeit is. Számos fontos központ került az új államhatárokon kívülre: például a kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem Erdély elvesztésével román fennhatóság alá került, míg a Pozsonyban működő Erzsébet Tudományegyetem Csehszlovákiához csatlakozott. Az új helyzetre reagálva a magyar állam a megszorult intézmények pótlása érdekében átköltöztette a kolozsvári egyetemet Szegedre, a pozsonyi intézményt Pécsre, és a selmecbányai Bányászati és Erdészeti Főiskolát is Sopronba helyezte át.

Az MTA tagjai közül többen a határon túlra kerültek, és mivel immár nem magyar állampolgárok voltak, tagságukat is elvesztették. Ugyanakkor az Akadémia igyekezett kapcsolatban maradni a külhoni magyar tudósokkal. Ennek egyik formája a külhoni tagozatok kialakítása volt, ezek azonban inkább szimbolikus gesztusnak, mint valódi tudományos integrációnak bizonyultak. Az új államok - Románia, Csehszlovákia, Jugoszlávia - pedig sokszor asszimilációs nyomást gyakoroltak a magyar értelmiségre, vagy egyszerűen csak eltávolították őket az egyetemekről, kutatóhelyekről.

A fent említett okok következtében több ezer professzor, oktató és hallgató vált hirtelen menekültté. Sokan közülük szinte kényszerűen távoztak korábbi munkahelyükről, míg mások már előre látták a romló helyzetet, és korábban hagyták el otthonaikat. Az új egyetemi központokban azonban gyakran embertelen körülmények fogadták őket: vagonlakásokban éltek, és súlyos anyagi nehézségekkel kellett szembenézniük.

A trianoni döntés hatására ugyanis 400-450 ezer ember érkezett az új Magyarország területére. Bár pontos statisztikák nem állnak rendelkezésre, a menekültek között jelentős arányban voltak értelmiségiek, akiknek beilleszkedése különösen nehéznek bizonyult. Az új helyzet értelmiségi túlkínálatot eredményezett, amelynek hatása szinte minden tudományos és kulturális intézményre kiterjedt.

A közigazgatás, a felsőoktatás, valamint a múzeumi és levéltári szektorokban tevékenykedők létszáma drámai mértékben emelkedett, miközben az állami költségvetések rendkívüli mértékben zsugorodtak. Például a Magyar Nemzeti Múzeum 1913-as költségvetésének csupán nyolc százalékával gazdálkodhatott a húszas évek elején. Az értelmiségiek jövedelmeinek reálértéke kevesebb mint egyötödére esett vissza, és az állami kultúrafinanszírozás is kritikusan alacsony szintre került.

Az Akadémia az új helyzet kihívásaival szembesülve egyszerre vált gazdaságilag kiszolgáltatottá és kulturális terhekkel telítővé. A háború előtti időszakban gondosan felhalmozott vagyona – amely döntően állampapírok és záloglevelek formájában volt jelen – a gazdasági válság következtében gyakorlatilag eltűnt. Innentől kezdve az intézmény működése kizárólag az állami támogatástól függött, amelyet évenkénti segély formájában nyújtottak. Az 1923. évi I. törvénycikk megerősítette ezt a segélyezési rendszert, amely évtizedeken át alapvető szerepet játszott az Akadémia életben maradásában.

Klebelsberg Kuno, a vallás- és közoktatásügyi miniszter, 1922-ben a következőképpen vélekedett a helyzet alakulásáról:

Trianon a magyar tudományos élet számára egy új korszak kezdetét és egyben egy régi korszak végének megélését jelentette. A korábban színes és sokféle nemzetiség által gazdagított közép-európai tudományos színtér helyébe egy szűkebb, homogenizálódó környezet lépett, amely komoly kihívásokkal nézett szembe. A tudományos közösségek nem csupán földrajzi értelemben szétszóródtak, hanem anyagi, szervezeti és morális szempontból is súlyos válságot éltek meg.

Az 1920-as évek elején a magyar tudományos élet megmaradása érdekében nem csupán politikai és pénzügyi áldozatokra volt szükség, hanem átfogó újratervezésre is. A nehéz idők ellenére azonban megindult egy új fejlődési folyamat: új egyetemek alakultak, és friss kutatási központok jöttek létre. A Magyar Tudományos Akadémia nem csupán a tudományos kutatás színtere lett, hanem a nemzeti identitás megőrzésének egyik pillére is, újraértelmezve szerepét. A tudományos intézmény igyekezett szellemi menedéket nyújtani, megőrizni és továbbadni azokat az értékeket, amelyek a történelmi Magyarország gazdag tudományos és kulturális örökségét alkották.